顾问委员会成员由理事会推荐，并由清华大学教育基金会审核和确认后颁发聘书，任期三年，可续聘。顾问委员会成员由马来西亚各族群，工商界和教育界对马中教育事业的发展有着正面贡献的领袖，并协助引导及监督理事会推广马中教育的长远发展及清华大学在马来西亚的活动。顾问委员会成员可以是其他国籍人士有志于协助推广理事会的活动方针。

理事会成员由关心和支持马中两国教育经济交流的马来西亚各界领袖和代表人士组成。理事会设理事长一名、常务副理事长二名，副理事长五名，秘书长一名，副秘书长两名，财务长一名，副财务长三名及常务理事廿名。理事会成员可以是其他国籍人士和有志于协助推广理事会的活动方针，唯非马来西亚国籍的人数不可超过理事会总人数的1/3 。

理事会下设各级委员会以协助推进各别工作包括会员管理委员会，马中教育经济高层论坛委员会，教育合作委员会，教育基金委员会和其他委员会以推进招生，互访及短期课程等工作。

理事会下设秘书处，作为理事会的日常办事机构。秘书处负责理事会的日常及相关会务工作，与理事长及秘书长，保持日常联系和工作的衔接。